Die Pilgerkapelle ist eine gotische Seitenkapelle im Turmfuß der Kirche und befindet sich im Bereich der ältesten Bausubstanz von St. Jacobi. Hier hat wohl der Vorgängerbau gestanden, der wohl 1255 extra für die Pilgernden errichtet wurde und noch außerhalb der Stadtmauern stand. Der jetzige Kirchbau, eine gotische Backstein-Hallenkirche stammt aus dem 14. Jahrhundert ist heute Hauptkirche.
Durch die sechs Meter dicken Wände, die den Turmfuß bilden, gelangt man in den 14 Meter hohen, hellen Raum, den zwei 10 Meter hohe Fenster prägen.
Über die Treppe hinter der Ostwand der Kapelle kommt man zur Büro-Empore. Im Erdgeschoss befindet sich der geistliche Raum mit vielen Pilgersymbolen. Er ist auch Begegnungs‑, Gebets- und Veranstaltungsort , sowie Pilgerbüro zu den Sprechzeiten.
Vor der Ostwand der Pilgerkapelle schmückt ein keltisch-christliches Vortragekreuz den Raum. Dieses Kreuz wurde dem Pilgerzentrum zur Einweihung der Pilgerkapelle am 16. November 2013 von dem Johanniter-Orden gespendet. Die Idee dahinter: Pilgernde sollen damit bei Pilgerwanderungen im öffentlichen Raum erkennbar sein und sich auf die keltisch-christliche Wurzel der “peregrinatio” beziehen. Das Kreuz wird aber auch für große Gottesdienste mit feierlichem Einzug genutzt .
In der Kirche am Fischer-Altar befindet sich eine verbrannte Jacobus-Figur, in deren Nähe viele Pilgernde für ihre Reise gesegnet werden. St. Jacobi ist Aufbruchsort für viele Pilgerwanderungen. Ein Treffpunkt für Pilgernde ist auch der Pilgerwegweiser außen an der Chorwand der Kirche auf dem Jakobikirchhof.